Претеча данашњег Завода јесу службе које су настале, развијале се и деловале у оквиру Медицинског центра у Кикинди. Развојем самог Центра и делатношћу појединих служби (микробиологија, хигијена, епидемиологија и здравствена статистика) указала се потреба за издвајањем и оснивањем самосталне установе.
У складу са планом мреже здравствених установа, Влада Републике Србије 01.10.1993. године основала је Завод за заштиту здравља у Кикинди који од тада самостално делује и усклађује се са свим променама законског уређења ове области. Завод као високоспецијализована установа својим деловањем покрива територију Северно-банатског округа, односно општине: Кикинда, Сента, Кањижа, Чока, Нови Кнежевац и Ада којима припада 50 насељених места.
Од 2002 године оснивачка права над ЗЗЗЗ Кикинда су пренесена на Извршно Веће Скупштине Војводине. На основу Закона о здравственој заштити («Службени гласник РС», бр. 107/2005) и Одлуке о оснивању («Службени лист АПВ» бр.11/06) Завод за заштиту здравља је преименован и основан је Завод за јавно здравље Кикинда, који уписом у судски регистар септембра 2007. године и званично постаје „Завод за јавно здравље Кикинда“.
Завод се финансира приходима из буџета Републике Србије, на основу уговора са Министарством здравља РС, Републичким фондом за здравствено осигурање као и приходима оствареним на тржишту.
Територија на којој ЗЗЈЗ Кикинда обавља своју основну делатност простире се на 2.329 км2. Пописом из 1991. год Севернобанатски округ насељавало је 179 783 становника са просечном густином насељености од 77,2 ст/км2, према попису из 2002. године број становника 165 881 становника, док је према попису из 2011. године број становника 147 770 становника са просечном густином насељености од 63,4 ст/км2. Седиште округа је у Кикинди.